סיפור פטירתו של הבעש"ט הוא אחד הרגעים המרגשים ביותר בספר שבחי הבעש"ט, המשתייך לספרות הגיוגרפית (שבחי צדיקים) כמו שבחי האר"י ועוד. שבחי הבעש"ט מתאר את דמותו של רבי ישראל בן שרה לאורך חייו: ילדותו, הסתתרותו והתבודדותו בהרים, התגלותו, חייו עם בני ביתו, מעשיו ופעולותיו המאגיים והמיסטיים, העברת הידע החסידי לתלמידיו וממשיכיו, ולבסוף גם אופן פטירתו.
מדוע חשוב למספֵּר לציין פרט שולי כביכול, שהבעש"ט הלך לבית הכבוד ואחר כך חזר ורחץ את ידיו? הוא חשוב מפני שהוא מדגיש את התעקשותו של הבעש"ט להישאר עצמאי עד לרגעיו האחרונים ולשמור על פרטיותו. כשמשרתו מתכוון ללוותו לבית הכבוד, שואל אותו הבעש"ט: "מה ראית בי?" (שאלת התוכחה של אבימלך לאברהם בבראשית), וכוונתו היא: "מה אתה רואה בי שאני איני רואה בעצמי?" ובמילים אחרות: "הנח לי להתפנות לבדי." הבעש"ט נמצא בהכרה מלאה, הוא רואה ומבין כל מה שמתרחש סביבו. תלמידיו גם הם רואים אך אינם משלימים עם מה שהם רואים, ולכן הוא מגלה להם את אופן הסתלקותו בדרך מטפורית. עזיבתו, הוא אומר, תלוּוה בעמידתם מלכת של שני שעונים. מדוע שני שעונים כשיש רק בעש"ט אחד? שני השעונים מסמלים את המאבק שמתחולל בגופו של הבעש"ט מבחוץ ומבפנים – השעון הגדול הוא חיצוניותו והקטן – פנימיותו. לאחר שרחץ הבעש"ט את ידיו, השעון הגדול נעצר ומתחיל תהליך הפרידה, המנגנון הגדול והעגול שנמצא תמיד בתנועה דמם. התלמידים, שאינם משלימים עם מה שעומד לבוא, מנסים להסתיר ממנו את עצירת השעון, בפעולה שהיא גם העתקת סיבוב השעון אל רבם כדי שימשיך לחיות. פעולה זו נוגעת ללב משום שהיא מתארת את מצב התלמידים, שאינם מסוגלים להשלים עם רוע הגזרה. השעון הגדול אמנם עצר, אבל יש להמשיך את סיבובו של המאור הגדול, הלוא זה רבם.
בזמן שגופו של הבעש"ט הולך ונחלש מתעוררת נשמתו לקראת מסעה, שיהיה מנוגד לתנועת הסיבוב המחזורית של השעונים המסמנים את הזמן. היא תהיה אנכית (תנועה כלפי מעלה אל החלל). ואכן הוא מגלה לתלמידיו שיציאת נשמתו תהיה כמו במצב פרדוקסלי של כניסה החוצה או יציאה פנימה – "כי יודע אני בבירור שאצא מפתח זה תכף אכנס בפתח אחר", מהלך מיסטי כמו פתיחת שער בזמן נעילתו. הבעש"ט יושב על מיטתו, הוא הולך ונחלש, אבל רוחו אינה נחלשת, וישיבתו על המיטה מרמזת על יישוב הדעת. התלמידים, שקודם לכן סובבו אותו, יושבים עכשיו סביבו, ונוצרת צורה דמוית שעון שצירו – הבעש"ט ומחוגיו – התלמידים. עוד מעט השעון הסמלי הזה יידום, אך קודם לכך, הבעש"ט מגלה עוד פרטים על מסעו, שכזכור יהיה כלפי מעלה בטיפוס על עמוד המוליך לגן עדן התחתון והעליון. שני עולמות אווריריים יחליפו את עולם המציאות של השעונים. הבעש"ט שוכב על מיטתו ומכוון כוונות, לא מכוון שעון אלא את עצמו, הוא מכוון להיות מוכן. השלב הבא הוא האקסטזה שלקראת עליית הנשמה, הבעש"ט מבקש שיכסו אותו בסדין (אי אפשר שלא לעלות על הדעת גם תכריך), אחר כך הוא מזדעזע וחרד, כנראה לא מהמוות אלא ממה שיבוא מיד אחריו. החיוּת הפנימית נמצאת בשיאה כשהשעון הקטן עוצר מלכת – והבעש"ט נרדם סופית.
התלמידים מבולבלים, הנוצה שהניחו קרוב לאפו של המורה הנערץ מגלה את האמת המרה, ובכל זאת הסיפור לא תם. רבי לייב קעסלר, שהיה נוכח באותו רגע גדול, מספר שראה איך נשמת הבעש"ט יוצאת מגופו ועולה כמו אש תכולה (מזכיר את תכלת השמים), ואנחנו יודעים שהנשמה מטפסת מעלה על עמוד אל המרומים ועולה אל שני הגנים, התחתון והעליון.
בדרך למעלה
הבעש"ט מגלה לתלמידיו את אופן הסתלקותו מהעולם בדרך מטפורית. עזיבתו, הוא אומר, תלוּוה בעמידתם מלכת של שני שעונים, המסמלים את המאבק שמתחולל בגופו מבחוץ ומבפנים: השעון הגדול הוא חיצוניותו, והקטן - פנימיותו